اشکالات شورای عالی قضایی آنقدر زیاد و مهم بود که حضرت امام در سال ۶۷ نامه‌ای خطاب به این شورا نوشتند و از آنها به خاطر تعطیلی احکام الهی گله کردند. این گلایه‌های امام باعث تقسیم کار بین اعضای این شورا شد، اما معلوم بود که این تقسیم کار یک روش موقت است و بهترین مدیریت برای قوه قضاییه، مدیریت فردی است.